I kundaliniyoga inngår meditasjon som en naturlig del av yogaøkten. For mange er meditasjon ukjent og noe fremmedartet. Man tror kanskje at man i meditasjon skal sitte stille uten tanker i hodet. Dette er en myte. Sinnet genererer tusenvis av tanker per sekund. Under meditasjon blir man gjerne klar over hva som skjer i bakgrunnen av tankene. Distraksjon under meditasjonen er regelen og ikke unntaket. Det er her vi bruker ulike teknikker eller fokuspunkt for å jobbe med å kontrollere og dempe vår mentale sinnstilstand.
Mantra er et av verktøyene vi bruker under meditasjon og som kan forklares som en lydintonasjon. Ved å hele tiden gå tilbake til mantraet som fokuspunkt skaper man mindre rom for tankespinnet og man lar tankene bli behandlet av mantraet. Andre verktøy vi bruker under meditasjon er pusteteknikker, øyefokus, håndmudra, bevegelser m.v.